1. 红卍字会、崇善堂、红十字会、同善堂等人道慈善团体的掩埋
其中世界红卍字会南京分会埋尸4万3123具。据该会1945年的《民国二十六年至三十四年慈善工作报告书》及所附埋尸统计表记载，从1937年12月22日至1938年10月30日，在城内收埋1793具，城外收埋41330具，其中女尸75具、孩尸20具。世界红卍字会八卦洲分会在八卦洲江岸收埋被射杀的死者尸体、江中浮尸以及打捞江中尸体，正式资料提及埋尸1557具，又有该会函件提及处理尸体1万余具。
南京崇善堂埋尸11万2266具。因为城市城郊的尸体主要有崇善堂负责埋葬，所以它收的尸体是最多的。该堂在战后提交给军事法庭的统计显示，在1937年12月至1938年5月1日，该堂在城区收埋7548具，在城外收埋104718具。该堂埋尸的“前期资料”较少，因为当时日军急于毁尸灭迹，不允许做任何记录，只在后期有较多记录，数字主要根据当时人的回忆。
中国红十字会南京分会收尸2万2691具。该会1938年1月5日以前在南京下关、和平门一带收埋8949具，此后得到日军许可后留下了按日记载的收尸记录，到5月底又收埋13742具。南京市同善堂收埋7千余具。该堂掩埋组组长刘德才在战后南京军事法庭审判谷寿夫时出庭作证：“我同戈长根两个人所经手掩埋的尸首就有七千多了”。南京代葬局收埋1万余具。代葬局掩埋队也受雇于南京伪政权。掩埋队队长夏元芝于1946年为汉奸嫌疑辩护时称：“曾率领代葬局全体掩埋夫役，终日收埋被惨杀军民尸体万余具”，这一数字得到当年掩埋夫役的确认。
顺安善堂收尸约1500具。1940年12月该堂在一份调查登记表中称：“迄至南京事变后，对于掩埋沿江野岸遗尸露骨，人工费用约去陆百元。”按照当时一般收尸付费4角计算，约收埋1500具。明德慈善堂收尸700余具。当时的堂长陈家伟在1940年12月的文件中称：“雇用夫子十余人，掩埋尸首”、“廿七年春，掩埋七百余具”。
众志复善堂等其他机构也参与埋尸，征集的夜多是临时劳工，大多没有统计数据，不过一般认为每家也至少埋尸体上千具。
以上已经有17万具尸体
2.南京市民有组织的掩埋
当时民间有4支规模较大的市民掩埋队共埋尸4.7万余具。
其中：城西市民掩埋队，由湖南木商盛世征出资雇工，收埋上新河地区死难者遗体28730具。城南市民掩埋队，由平民芮芳缘、张鸿儒等组织难民30余人掩埋尸体7000余具，其中难民尸体5000余，中国军人尸体2000余，分别埋葬在雨花台山下和望江矶花神庙等处。回民掩埋队，由鸡鹅巷清真寺王寿仁以“南京回教公会掩埋队”、“南京市红卍字会掩埋队”名义掩埋尸体400余具，所收尸体以回民为主。北家边村民掩埋队，由北家边万人坑唯一幸存者严兆江带领，收尸6000余具。
3.伪政府组织的掩埋
伪政权因为建立较迟，所以守尸数量并不多。与日军合作的南京市和各区伪政府以多种方式参与了对尸体的处理，有据可查的埋尸数量有7000余具。下关区在南京城西北，伪区长刘连祥1938年1月30日报告，经过半个月工作，在下关、三汊河一带收埋尸体3240具。第一区在城东南部，伪区公所在1938年2月工作报告中称当月收埋尸体1233具。第二区在城西南部，最近发现该区伪公所的两份文件中提到请崇善堂掩埋了区内两处遗尸共27具。第三区在城东北部，最近发现该区伪公所曾请崇善堂、红卍字会掩埋区内多处遗尸10余具。1938年底，伪南京市政公署督办高冠吾命伪卫生局派掩埋队收集中山门外灵谷寺至马群一带遗骨3000余具，葬于灵谷寺之东，立“无主孤魂之碑”记录埋尸经过。
4.日军部队和强迫劳工，战俘掩埋
日军在支持中国团体处理尸体之外，也直接进行埋尸和毁尸的处理。日军战俘太田寿男1954年供认日军动用部队处理的尸体总数达到15万具。近年来发现的日军官兵的日记、书信和回忆也明确证实，日军曾大量直接掩埋遇难者的尸体，或是将尸体焚烧，或是投入江河、水塘之中。
5.南京市民自己收敛被害亲人和邻居
这个就无法统计具体数量，不够根据幸存者的回忆，自然收的也很多，幸存者基本每家都被杀死几人！
以上总数已经超过30万。
其中如果说别的数据可能有估算的成分，似乎不那么精确，单单慈善机构的埋尸数量也达到17万，这是比较可靠的。
但如果要统计准确的大屠杀人数，实在是很困难的。
因为当年国民政府并没有严格的户籍制度，所以南京之前准确有多少人，具体都是那些，名字叫什么都不清楚，战后也就无法通过人口的失踪情况准确计算出数据。
而且南京大屠杀以后，伪政权控制南京长达7年多之久，自然不可能做任何屠杀人数的调查，而7年时间的破坏，导致战后统计具体数据比较困难。
更重要的，日军有系统的隐瞒南京大屠杀真相，当时记录南京大屠杀的照片，文字，摄像基本完全被毁，被杀者的尸体被日军扔进长江，河流，湖泊。甚至日军强迫战俘和劳工做这些毁尸灭迹的事情，做完了在将这些人杀死，完全没有人知道。
所以我们仅能通过埋尸资料这些进行推算，可能无法很精确，不可能向九一一一样精确到几个人，但大体上不会有很大出入。
而日本方面对大屠杀人数认识一般主要分为四种：
1.至少十几万以上
支持这个的主要是一些大学的教授，他们站在客观历史角度公正的计算，认为至少杀了10多万人。
2.四五万人
支持这个的人数不多，最有名的是冈村宁次，他在回忆录中写道南京大屠杀杀了四五万平民。其实四万人这个数量是很有意思的，因为日本人一般认为杀了2，3万战俘，那么也就是说还屠杀了2，3万平民，也就是说战俘和平民一半对一半，这在当时日本人角度，似乎还是能接受的。
3.二万到数千
这个基本就是右翼分子的说法，而且基本认为被杀的都是战俘，没有平民。为什么这样说呢，因为二战期间有几个国家都存在虐待战俘的情况，也有屠杀战俘的情况。所以日本人如果把屠杀的受害者说成战俘，也就可以相对减轻自己的罪责。2万的说法勉强算是屠杀，至于几千就根本算不上大屠杀了。
4.几百人甚至根本不存在，南京大屠杀是虚构的
这种说法基本都是极右翼分子，简单就是一句，南京大屠杀不存在，都是中国虚构出来的。如果看看日本老兵回忆录，就可以毫不费力揭穿这一切。但令人吃惊的是，这一派的支持者还真不少，背后有强大的右翼政治经济集团的支持。
极右翼分子在日本相当猖狂，相比新纳粹分子在德国如过街老鼠一般，简直就是天壤之别。
在日本坚持南京大屠杀存在的人士大多受过极右翼分子的攻击，有的还受到过死亡威胁。为什么呢？因为极右翼分子中还有黑帮势力存在，他们认为现在民主政府对黑帮是不利的。
极右翼分在在日本政界，经济界，文化节，教育界都有相当强大的力量。老萨就看过不少极右翼分子的电影，说实在的，跟当年二战时候日本人拍摄的东西没什么区别。其中有些片子还是鼎鼎有名的东映的产品。
说到底，这还是当年美国人没有彻底清剿军国主义分子而留下的余孽，如果当年立法为宣传军国主义都是犯罪，看看现在还有没有这种右翼的垃圾存在。
他们潜伏了20多年，从70年代开始随着日本经济大发展重新进入舞台。
大屠杀不存在的主要支持者有铃木明（杂志记者）、田中正明（元拓殖大学讲师）、东中野修道（亚细亚大学教授）、富泽繁信（日本“南京”学会理事）、阿罗健一（近现代史研究家）、胜冈宽次（明星大学战后教育史研究）、杉山彻宗（明海大学教授）、渡部升一（上智大学名誉教授）、大原康男（国学院大学教授）、西冈香织（军事史学会会员）、深田匠（政治学者）、前野彻（东急元社长）、铃木正男（大东塾塾长）、水岛总（纪录片《南京真相》导演）。
